Métagénomique et écosystèmes microbiens des laits et des fromages

Métagénomique et écosystèmes microbiens des laits et des fromages

Les travaux antérieurs sur les écosystèmes microbiens laitiers ont porté essentiellement sur les flores naturelles des laits ou la sélection de ferments autochtones et ont été réalisés avec les méthodes culture dépendantes disponibles à ce jour. Ils ont ainsi été partiels, ne prenant en compte qu’une étape du système (l’amont, l’ensemencement) et surtout qu’une partie de l’écosystème (celle actuellement cultivable).
Le développement des méthodes omiques, c’est-à-dire analysant l’ADN et / ou l’ARN présent, offrent de nouvelles perspectives pour comprendre le fonctionnement des écosystèmes microbiens des fromages, en lien avec la flore naturelle des laits, les pratiques fromagères et la matrice physico-chimique.

Objectifs et résultats attendus

Cette compréhension a pour objectif d’identifier les leviers d’action, en vue d’une meilleure gestion des caractéristiques sensorielles finales des fromages.
L’utilisation de ces méthodes, dans le cadre d’analyses systémiques, croisant les différents facteurs, nécessite des travaux préliminaires, pourtant sur :

  • L’application de ces méthodes aux systèmes microbiens des laits et des fromages (protocole d’extraction, de concentration et surtout constitution des bases de données pour reconnaître les bactéries ou fonctions détectées).
  • Le test de ces méthodes pour vérifier leur capacité à décrire, par exemple, les dynamiques microbiennes et l’impact d’une modification de pratique sur le fonctionnement du système.

Publics visés et livrables

A l’échelle locale, nous avons construit un projet autour de la question des synergies entre flores du lait et flores des levains, dénommé ERASMO, qui a été retenu à l’appel à projet du PEI Rhône Alpes. Il porte sur le suivi de la dynamique microbienne par métagénomique au cours de 72 fabrications (reblochon, tomme de Savoie, et abondance). Ce questionnement est partagé par l’ensemble des filières fromagères au lait cru qui bénéficieront des résultats.

Partenaires de réalisation

L’action est conçue et développée dans un cadre national, coordonné par le RMT Fromages de Terroirs. Le projet ERASMO mobilise trois filières (Abondance, Reblochon et Tomme de Savoie) et l’ensemble de leurs partenaires techniques (Aftalp, Actalia, Enilv de la Roche sur Foron et Ceraq). Il est conduit en 2016 et 2017.

Partenaires financiers

Le projet ERASMO bénéficie d’un financement du fonds européen FEADER dans le cadre du programme PEI de la région Auvergne Rhône-Alpes, et du Conseil Savoie Mont Blanc.

Contact

Agnès Hauwuy

04 79 70 77 77

agnes.hauwuy@ceraq.fr